การเลือกใช้ โปรแกรมบัญชี ควรคำนึงถึงความต้องการขององค์กรก่อนว่ามีความจำเป็นมากน้อยแค่ไหน แล้วโปรแกรมที่จะใช้งานมีฟังก์ชั่นครอบคลุมทุกระบบหรือเปล่าหากองค์กรที่มีขนาดเล็กการใช้งานโปรแกรมบัญชีอาจจะทำให้บริษัทยุ่งยากและซับซ้อนมากขึ้นกว่าเดิมเพราะฉะนั้นการที่จะเลือกใช้โปรแกรมบัญชีควรเลือกโปรแกรมที่มีฟังก์ชั่นครอบคลุมกับความต้องการขององค์กรให้ดีที่สุด